Złe warunki magazynowe, w jakich przez wiele dziesięcioleci pozostawała większość cieszyńskich zbiorów bibliotecznych i archiwalnych, wyraźnie odbiły się na ich stanie zachowania. Pokryte grubą warstwą kurzu i odkształcone bloki książek, naderwane oprawy, zdeformowane fascykuły, w warunkach ciągłych wahań temperatury i wilgotności stały się pożywką dla mikroorganizmów. Obok poprawy stanu bibliotecznych i archiwalnych magazynów, konieczne było więc wdrożenie działań pozwalających na masowe zabezpieczenie i naprawę zbiorów, przede wszystkim zaś poddanie ich dezynfekcji. W tym celu do Cieszyna sprowadzona została przewoźna komora fumigacyjna, w której odkażono książki i archiwalia należące do Parafii Ewangelicko-Augsburskiej, Muzeum Śląska Cieszyńskiego oraz Konwentu Zakonu Bonifratrów. Zasoby cieszyńskiego Oddziału Archiwum, które również wykazywały obecność grzybów i bakterii, po przewiezieniu do Katowic, zdezynfekowane zostały w komorze należącej do tamtejszej centrali archiwalnej. Tam również cieszyńskie archiwalia oczyszczono, a następnie poddano je zabiegom introligatorskim, polegającym na prostowaniu i prasowaniu odkształconych dokumentów, drobnych naprawach oraz wyposażaniu całości w obwoluty z papieru bezkwasowego i wykonane z takiegoż kartonu pudła.
Podobne działania zrealizowano również w odniesieniu do zbiorów stanowiących własność Parafii Ewangelicko-Augsburskiej, Konwentu Zakonu Bonifratrów oraz Muzeum Śląska Cieszyńskiego. Książki i czasopisma były stopniowo oczyszczane, prostowane, podklejane lub zaopatrywane w obwoluty z papieru bezkwasowego, z kolei archiwalia po oczyszczeniu i wyprasowaniu wkładano do kartonowych pudeł. Pochodzące z subwencji środki wykorzystano nie tylko na zakup wszelkich niezbędnych do realizacji powyższych działań środków i materiałów, ale także na zatrudnienie doświadczonych introligatorów i konserwatorów książki, wyspecjalizowanych w pracy z zabytkowymi zbiorami. Łącznie dezynfekcji oraz zabiegom introligatorskim poddanych zostało w trakcie projektu 43 000 woluminów oraz blisko 900 metrów bieżących akt archiwalnych.
Działania te przebiegały pod nadzorem konserwatorów Książnicy Cieszyńskiej, w której podobne prace, podjęte już przed kilkunastoma laty, pozwoliły jeszcze przed wdrożeniem projektu zabezpieczyć większość zabytkowych kolekcji książek. Zebrane w tym czasie doświadczenia, a przede wszystkim standardy ochrony, jakie zdołano w Książnicy Cieszyńskiej wypracować, stały się podstawą programu zabezpieczenia zrealizowanego w pozostałych zabytkowych bibliotekach w Cieszynie.
